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    SCIENCE AND TECHNOLOGY SERVICE

    全长转录组(三代)

    产品简介

    完整的转录本包括了从5’端到3’端polyA尾的序列,长度集中分布在1-6kb。二代测序技术由于读长较短,得到的测序片段需要拼接,得到的转录本可能会产生拼接错误和较多的嵌合体,从而不能得到完整的转录本。第三代测序技术Pacbio利用单分子实时测序技术(SMRT),由于其超长的读长(平均15kb),无需拼接即可直接获取完整的全长转录本,因此可得到更高质量的转录本,有利于mRNA结构的研究,如可变剪切、融合基因、等位基因表达等。

    研究内容

    有参全长转录组分析内容

            

    无参全长转录组分析内容

    1) 数据质控、转录本分类;

    2) 转录本聚类与校正;

    3) 与参考基因组比对;

    4) 进行可变剪切分析;

    5) 新基因预测;

    6) 融合基因分析;

    7) 作为参考序列,定量分析;

    8) 编码蛋白框预测;

    9) lncRNA预测。


    1) 数据质控、转录本分类;

    2) 转录本聚类与校正;

    3) 七大转录本数据库注释;

    4) 作为参考序列、定量分析;

    5) lncRNA预测;

    6) 编码蛋白框预测。




    结果展示

    送样建议

    1) 样品类型:组织样或总RNA;
    2) 样品浓度:≥300ng/?g;
    3) RNA总量:≥10?g;
    4) RNA纯度:OD260/280:1.8-2.0;OD260/230≥1.8,260处有正常峰值;
    5) RNA完整度:电泳检测28s/18s≥1.5或RIN≥8,基线平整(软体等无28S物种)。


    010-80543251

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